“蛟龙号”是一个构造独特的庞然大物，那么，是汁么让它在7000米的海底自由游动，并且还能稳稳“定位”呢？答案就在它的控制系统，控制系统是“蛟龙号”的“龙脑”，它是由控制主体、控制客体和控制媒体组成的具有自身目标和能的管理系统，在“蛟龙号”下潜以及执行任务的过程中发挥着不可或缺的作用。
控制系统就像是“蛟龙号”的神经系统，每条神经末梢都与其他的系统相连，‘蛟龙号”在海底所进行的每一个动作都必须得到“大脑”的”命令。
在控制系统里，航行控制系统属于“蛟龙号”的核心，“蛟龙号”之所以具备自动定向、定深、定高以及悬停定位功能。能够在水中全自动航行，全都归功于航行控制系统，它免去了潜航员长时间驾驶的劳累。
综合显控系统就是“仪表盘”，它可以分析水面母船传来的信息，认而显示出‘蛟龙”和母船的位置以及潜水器各系统的运行状态，实现母船与“蛟龙”间的互动。
水面监控系统能够显示出母船信息与“蛟龙”信息的集合，使指挥员可以对母船的位置和“蛟龙”的位置进行正确的判断，并且进行相应的调整，保证“蛟龙”安全回家。
数据分析平台能够对综合显控系统所采集的数据，比如深度、温度及报警信息等进行分析，并且把这种分析自动生成图形。这一平台还能够查看历次下潜的时间、地点以及潜航员的操作流程。
半物理仿真平台的主要作用是验证“蛟龙”控制系统设计的准确性。科研人员通过输人相关参数，模拟水下环境，测试控制系统运行状况，能够节约人力、物力，降低风险，缩短研制周期，提高系统可靠性和安全性，还能为潜航员训练提供“虚拟环境”。
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