然而，让考古学家和历史学家捉摸不透的是，如此神秘而灿烂的文明，却在公元8世纪的中后期突然消失了，留给人们的只有一座座宏伟建筑的废墟、神秘的艺术作品以及由此而引发的无尽的思考。为此，科学家们又进行了大量艰苦的探索，也由此产生了种种推测。科学家们首先想到的是野蛮的古代战争。考古学家们破译了大量文字，这些文字刻绘在石碑上、陶罐上以及城墙上。从这些被破译了文字的一座座墓碑上，翻译者们看到了一些关于玛雅人的描述，有战争策略、血腥的战场以及用被俘的敌人来进行祭祀……我们所看到的玛雅的统治者，都是些好战的武士，而不是以前人类所提出的，玛雅人是一群非常爱好和平而且具有丰富知识的人。因为大部分文字记载的都是他们的战争以及在战争中取得的胜利。然而，考古学家们又发现了更多的证据，这些证据向我们展现的是玛雅人的穷兵黩武。例如，在蒂卡尔曾发现一些类似护城河和胸墙的长而且狭窄的壕沟和土埂。这种曾用于防御的城墙也在拜肯发现过。人们在卡拉科尔的建筑物上发现有烧焦的痕迹，还发现一个未被埋葬的儿童躺在一个金字塔的地板上。在伯南帕克曾发现过许多栩栩如生的类似宗教仪式的壁画，而现在我们再看它们，则仿佛是那些真实的战争场面的再现。
玛雅人预言世界末日
从《死海古卷》到《圣经》，再到“玛雅人(Mayan)预言”;从唐朝李淳风、袁天罡所著的《推背图》，再到罗兰?艾默里奇(Roland Emmerich)的电影《2012》，仿佛都传递着一个令人恐怖的信息--世界近末日了，人类将在2012年毁灭。
除了《死海古卷》以及《圣经》预言，末日之说还来源于神秘的玛雅文化。玛雅人同样给世人留下了惊天预言，并且玛雅人的预言直指要害，把地球毁灭的时间精确到了2012年，人类和地球上所有的生命将在这一年从地球消失。
人们笃信玛雅人的预言乃是基于这一支神秘的种族，在3000多年前就对天文知识有着惊人的掌握：如计算精确的玛雅历法，从中透露给我们一些感到不可思议的信息，他们竟然知道人类在后来才了解的天文知识。玛雅经书中记载着精确的历法，比起教会认可的并通用迄今的格雷戈里(Gregory，James)公历要高明得多，每年误差才1分钟，也就是说大约1500年才差一天。他们能精确地计算出其他星体的运行时间，比如，他们知道地球公转时间，是365天6小时24分20秒，误差小得惊人。
玛雅人说，人类正在经历一个历时5000多年的星系更新，时间是从公元前3113年起到公元2012年止。其中每20年又是一个小周期，从1992年到2012年这20年是本次“太阳纪”的最后一个周期，又被叫做“地球更新期”，也就是说，地球上的一切都要在2012年被净化和更新了，然后人类就将进入新纪元。
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