1906年之后，斯坦因真的回来了。他带着5年终不断累计的强烈欲望重返尼雅绿洲。鉴于前一次准备不足的教训，这一次他做了充分的准备，尽可能多带饮水，多招了许多当地人。准备工作格外顺利，他在一天里就募集了50人和4个星期的粮食，又增加了些骆驼，浩浩荡荡开进尼雅。此后又来两次。先后4次来到尼雅，共发现、绘图和记录了遗址41处，而带走文物至今没有清单。仅根据斯坦因自己写的记录来看，他通过挖掘以及收集的古代文物包括卢文和汉文文书约1012件;木质艺术品若干;古代纺织品若干;用来作身份证明和模印装饰性的印章若干;金、银、玻璃、漆器等：比较珍贵的器物若干，各种材料的工具、生活用具、文具和乐器等若干，包括陶、石、木、铜、铁、皮革、角、骨制品;还有一把古代的“吉他”。
最令人痛心、愤怒的是，为了攫取文物，斯坦因坐在帐篷里发出向自己雇佣的当地人悬赏，凡是发现文物并交给他的人，都能因文物价值的高低获得相应的报酬。他自己安坐在帐篷之中，并不进行指导，被雇佣的人为了得到更多的赏钱，根本不在乎是否破坏遗址，疯狂地到处挖掘、拆毁。披着考古学家外衣的斯坦因，用野蛮的方法给尼雅古城遗址造成了永久性的伤害。
当时，中国很少有通晓西域古文字的人，而对语言学的研究比较领先的西方学术，也很难找到真正懂得中国古代历史的学者。斯坦因带回西方的那些出自古代官方之手，表述当时官府命令之类汉文简牍文书，对学者们来说看上去非常奇特，一时无法释读。
法国探险家戈厄纳曾企图在尼雅河流域的尽头寻找一个叫做精绝国的西域古国，但没有找到。斯坦因发现尼雅遗址后，推测尼雅遗址就是戈厄纳苦苦寻找的精绝国的遗迹。他把自己掠夺来的古文书记录并发表出来，其中的汉文简牍很快被中国国学大师王国维看到。凭借丰富的学识，王国维一眼看出一枚简牍上有“泰始五年”的字样，这是公元269年中国西晋王朝武帝的年号。参照中国历史记载中的蛛丝马迹，以及从古至今的于阗(今和田)于各国的相距路程，认真梳理考释后王国维断定：尼雅就是古代西域三十六国之一的精绝国。
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