第三个谜团
水星极区冰层之谜。目前，信使号得水星激光高度仪通过将近200万次的轨道扫描，已经绘制出完整的水星北半球的地形图，水星北半球大尺度地质构造以及剖面地质特征都以高分辨率的图像呈现。通过对图像的研究，科学家发现在水星北极极区附近，山脉或者其他地质地貌的海拔高度普遍偏低。
然而，早在20年前，地球上行星雷达散射图像显示，在水星的北极和南极都存在大量的极地冰沉积物，这些沉积物主要由液态水在极度严寒的条件下形成的，而这些冰沉积物主要蕴藏在极地撞击坑中的背阳一面，由于永久无法被阳光照射，而且温度极低，所以这些冰沉积物能永远一直维持这种状态。
信使号的新任务就是利用高度计，对极地撞击坑进行测绘，通过对撞击坑的详细探测，可以在一定程度上了解水星极区冰沉积物的含量。
第四个谜团
水星磁层高能粒子暴之谜。早在1974年，水手十号首次飞越水星时的一个重大发现就是水星不仅具有像地球一样的磁层，在磁层上还发生较为频繁的高能粒子暴，而且水手十号曾同时观测到4次高能粒子暴，但是这里就引出了一个问题：为什么信使号探测器连续三次飞越水星时却没有探测如此高密度的高能粒子暴呢?
现在信使号就位于水星的近日点上，将进行轨道修正。从目前的迹象看，水星磁层出现的高能粒子暴更趋向带有某种未知的“定时”诱发机制，这进一步给水星的磁层蒙上了神秘的面纱。
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