帆蜥鱼的主要猎物可谓剑走偏锋。由于是深海远洋鱼，他的猎物也与以金枪鱼为代表的上层远洋鱼类大相径庭。他的食谱包括浮游甲壳动物（比如磷虾）、鱿鱼和一种叫做被囊动物的带状水母浮游体（salp），当然还有各种鱼类，尤其是灯笼鱼和鲱鱼。据科学家推测，这种动物的捕猎靠的是伏击——这在远洋鱼类中是很罕见的。他巨大的背鳍和叉形的尾鳍可以为他提供可观瞬间加速度（参看旗鱼），同时他的窄长的身体和幽蓝的体色意味着猎物很难发现他。一旦被咬住，猎物不可能有任何机会，巨大的獠牙和无数的小牙齿能够紧紧要住猎物并把它们整个吞下去——作为一种深海鱼，帆蜥鱼的吞咽能力非常惊人。
和许多深海鱼一样，帆蜥鱼会同类相残。
但是速度慢还毕竟是劣势，如果天亮了之后帆蜥鱼没有及时返回深海，他将面对的是比他强大的多的表层掠食动物，面对黄鳍金枪鱼的追捕帆蜥鱼连一线生机都没有。帆蜥鱼的天敌极多，大中型金枪鱼（尤其是黄鳍金枪鱼和长鳍金枪鱼）、尖嘴鱼、远洋鲨鱼、海狗都是帆蜥鱼的主要天敌，但是他最大的敌人是另一种深海远洋鱼：月鱼。
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