潘塔纳尔湿地之所以能够形成，其实除了和亚玛逊雨林一样，有着热带雨林气候导致的降雨多特征之外，还因为它处于一个非常巨大的盆地之中，周围几乎都是高山林立的，因此一到雨季的时候，水就会在这里汇聚，但最大的时候水位能够上升到3米左右，湿地立马就变成了湖泊，不过这样也使得当地的土地和植物都得到了很好的滋养。
潘塔纳尔湿地虽然是天然的水质处理厂，但近些年来99%的潘塔纳尔湿地已经被私人占领，这使得政府无法进行有效的保护，而这里的拥有者已经开始大力的发展农耕和牧场，潘塔纳尔湿地的命运可能危在旦夕，并且由于耕地总是被雨季时的水淹没，所以在退去之后人们害怕蚊虫和疫病，就会在这里大肆的喷洒农药、消毒液等，这也就进一步的加剧了潘塔纳尔湿地的消亡。
不过好在巴西还是将潘塔纳尔湿地位于它国内的一部分建设成了马托格罗索国家公园，这样以来就能更好的保护湿地了，而这座公园也在1993年的时候顺利的被加入了湿地公约的国际重要湿地名录中，这样一来潘塔纳尔湿地的境地才好受了不少。
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