第一次物种大灭绝发生在奥陶纪(Ordovician Period，Ordovician)，该纪是古生代的第二个纪，开始于距今5亿年左右，延续了大约6500万年。依据灭种的生物分类的属的数量，这次生物大灭绝被评为五次大灭绝事件的第二位。
第一次物种大灭绝的原因
奥陶纪(Ordovician Period，Ordovician)是古生代的第二个纪，开始于距今5亿年左右，延续了大约6500万年。
奥陶纪分早、中、晚三个世。奥陶纪是地史上海侵最广泛的时期之一，世界许多地区都广泛分布有海相地层。在板块内部的地台区，海水广布，表现为滨海浅海相碳酸盐岩的普遍发育，在板块边缘的活动地槽区，为较深水环境，形成厚度很大的浅海、深海碎屑沉积和火山喷发沉积。奥陶纪末期曾发生过一次规模较大的冰期，其分布范围包括非洲(特别是北非)、南美的阿根廷和玻利维亚以及欧洲的西班牙和法国南部等地。
奥陶纪气候温和，浅海广布，世界许多地区(包括我国大部分地区)都被浅海海水掩盖，海生生物空前发展，较寒武纪更为繁盛。
在奥陶纪广阔的海洋中，海生无脊椎动物空前繁荣，生活着大量的各门类无脊椎动物。除寒武纪开始繁盛的类群以外，其他一些类群还得到进一步的发展，其中包括笔石、珊瑚、腕足、海百合、苔藓虫和软体动物等。
生物灭绝又叫生物绝种。它并不总是匀速的，逐渐进行的，经常会有大规模的集群灭绝，即生物大灭绝。整科，整目甚至整纲的生物在可以很短的时间内彻底消失或仅有极少数残存下来。在集群灭绝过程中，往往是整个分类单元中的所有物种，无论在生态系统中的地位如何，都逃不过这次劫难，而且还常常是很多不同的生物类群一起灭绝，却总有其它一些类群幸免于难，还有一些类群从此诞生或开始繁盛。大规模的集群灭绝有一定的周期性，大约6200万年就会发生一次，但集群灭绝对动物的影响最大，而陆生植物的集群灭绝不像动物那样显著。
第一次物种大灭绝中，约85%的物种灭亡，27%的科与57%的属灭种。依据灭种的生物分类的属的数量，被评为五次大灭绝事件的第二位。直接原因是冈瓦纳大陆进入南极地区，影响全球环流变化，导致全球冷化进入安第斯-撒哈拉冰河时期，海面大幅度下降。
古生物学家认为这次物种灭绝是由全球气候变冷造成的。在大约4.4亿年前，撒哈拉所在的陆地曾经位于南极，当陆地汇集在极点附近时，容易造成厚厚的积冰——奥陶纪正是这种情形。大片的冰川使洋流和大气环流变冷，整个地球的温度下降了， 冰川锁住了水，海平面也降低了，原先丰富的沿海生物圈被破坏了，除此之外，奥陶纪末期4亿多年前英国还发生了3次大规模8级火山爆发，可能也导致了全球变冷，并杀死了大量生物，最终导致了85%的物种灭绝
另有一种更受垂青的说法认为，距离地球6000光年的一颗衰老恒星发生爆炸，释放出伽马射线。伽马射线在穿越了宇宙后，击中了地球。在击中地球后，伽马射线摧毁了30%的臭氧层，导致紫外线长驱直入，浮游生物因此大量死亡，食物链的基础被摧毁，产生饥荒。同时被伽马射线打乱的空气分子重新组合成带有毒性的气体，这些气体遮挡了阳光中的热量，地球一时没有任何生机。
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