巧克力山都由石灰岩组成，可没有一般石灰岩地区所常见的溶洞系统或地下通道。这些山丘像田野上的干草堆一般紧挨在一起。有些有圆顶，其他的呈锥形。它们上面覆盖着乱草，在雨季时色彩呈彩绿。在2—5月份的旱季里，炎热的太阳将这些草晒干，变成巧克力般的褐色。山丘的名字便是这样得来的。巧克力山的植被也具有奇异之处。山上都要长树长草。处在亚热带，热带临海地区的山，雨量充沛，山上的植物都疯着长。巧克力山周围其他形态的山无不如此，独独这种特大号的超级馒头，却是基本上只长草不长树，更称不上有林。
菲律宾巧克力山形成假说
关于巧克力山的形成，地质学家给出了诸如石灰岩风化、亚海洋火山的爆发，海床的隆升等多种假说。最新的一种解释是说可能是由于一座古老的火山爆发，大量的岩石四散喷射，被石灰石所覆盖，最后在海床抬升作用下，最终形成如今我们看到的巧克力山。但专家对这种解释仍然没有达成共识。
从地质学上来说，关于巧克力山形成的原因最能被普遍接受的理论是，这个岛屿是从海里上升而形成的，巧克力山是上千年的雨水对地上的贝壳、珊瑚岩层以及不透水粘土层冲刷的产物。
菲律宾巧克力山传说
关于这些山丘的形成，还有一个传说。有两个巨人，持续打了很多天的架，还向对方扔石头。当他们终于筋疲力尽的时候，他们言归于好并离开了这个岛，但是却留下了混乱的打架现场。
另外一个传说更具浪漫色彩。巨人阿拉贡爱上了当地最美的姑娘阿拉雅。阿拉雅结婚前在河中沐浴时，阿拉贡忍不住把姑娘抢了回家。然而不幸的是巨人的容貌吓坏了姑娘，阿拉雅心脏病发作死了。可怜的巨人伤心极了，也活活哭死，于是他的滴滴眼泪化为巧克力山，而身体化为环绕巧克力山的布诺蔓山脉。
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