后来朱元璋回来，李善长就在朱元璋面前告状，天也凑巧，一直没有下雨，李善长就说是因为刘伯温在求雨时候杀人所致。古人多迷信，朱元璋自然对刘伯温也有了不满。正好刘伯温老妻病故，刘伯温就借口办理丧事返回浙江老家了。
后来刘伯温短暂返回过南京，不久又告老还乡。李善长因为年事已高，也不再在朝中任职。可是两人培养的下属之间的斗争才刚刚开始。而李善长的势力树大根深，刘伯温相比之下就势单力薄了。朱元璋曾经问刘伯温宰相的合适人选，提到李善长的同乡兼亲信胡惟庸。
刘伯温认为胡惟庸不合适，说：“丞相好比驾车的马，我担心他会将马车弄翻。”洪武七年，朱元璋任命胡惟庸为左丞相，胡惟庸没有放过无官无职的刘伯温，他指使自已的手下诬告刘伯温占了一块有王气的地。朱元璋居然也信了 ，下令取消刘伯温的退休福利待遇。刘伯温经此打击生病了。朱元璋派胡惟庸前去探视，胡惟庸带来的医生开了药方，刘伯温吃了药之后，病情反而加重，不久，一代军师就去世了。
后来，胡惟庸案发被诛，医生供出当年是胡惟庸指使下药毒死了刘伯温。可怜刘伯温文韬武略，最后死于小人之手。说到底还是朱元璋不愿天下已定，身边还有这么聪明的人存在，所以对胡惟庸迫害刘伯温睁一只眼闭一只眼。刘伯温被称为天下第一谋士，最终却未能给自已谋一个善终，实在可叹。
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