1912年中华民国建立，出现逐僧毁寺的风潮。滇军师长亲自督军上山捉拿释虚云老和尚，释虚云老和尚只身与其讲理，被折服而一改初衷支持虚云。民国七年(1918），虚云法师自南洋请玉佛回祝圣寺，并重建庙宇。此后，应滇、粤、闽军政大员之请，曾移锡昆明华亭寺，住持鼓山，重兴曹溪六祖道场南华寺。民国三十一年冬赴重庆主持护国息灾大悲法会，历时3个多月。民国三十二年冬，规划重兴粤北云门山大觉寺。
1952年4月释虚云老和尚离云门北上，11月在北京出席中国佛教协会发起人会议，并被推为首席发起人。1953年6月3日中国佛教协会正式成立，虚云被选举为名誉会长。次年，虚云被聘为全国政协委员。1959年10月13日，虚云法师在江西云居山真如寺圆寂。享年一百二十岁。
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