关于华佗怎么死的历史上有两种说法，第一种说是华佗不肯为曹操治病，借口在家被曹操发现，抓回来在狱中拷打至死。另一种说法是，华佗要开刀处理曹操的头疼症状，曹操多疑觉得华佗要害他，便投狱拷打至死。
一、华佗在狱中拷打致死
华佗以医术为业，心中常感懊悔，中国封建社会中医生属于“方技”，被视为“贱业”。后来曹操亲自处理国事，得病(头风)沉重，让华佗专门为他治疗。华佗说：“这病在短期之内很难治好，即便是长期治疗也只能延长寿命。”华佗因为离开家太久想回去，于是说：“收到一封家书，暂时回去一趟。”
到家之后，就说妻子病了，多次请求延长假期而不返。之后曹操三番五次写信让华佗回来，又下诏令郡县征发遣送，华佗自持有才能，厌恶为人役使以求食，仍然不上路。曹操很生气，便派人去查看。如果他妻子真的病了，便赐小豆四千升，放宽假期期限，如果欺骗，就逮捕押送。
结果华佗撒谎，于是用传车把华佗递解交付许昌监狱，经审讯验实，华佗供认服罪。荀彧向曹操求情说：“华佗的医术确实高明，关系着人的生命，应该包涵宽容他。”曹操说：“不用担忧，天下就没有这种无能鼠辈吗?”所以华佗怎么死的呢，就是在狱中拷问致死的。
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