抗日战争
1937年2月第1军开赴陕西凤翔，受顾祝同指挥，向西安施加军事压力;4月24日辞第1师师长。7月7日抗战爆发，9月2日胡宗南率部参加淞沪会战，13日升任第17军团军团长，是黄埔学生中第1个军团长，由于第1军仓促上阵，两度参战部队损失很大;11月6日第17军团撤出战斗;12月回关中。
1938年5月12日辞第1军军长，参加开封会战，指挥部下攻打兰封外围，扫清了通往城内的道路，但土肥原第14师团仍突围而去;6月18日兼任第27军军长;9月1日胡宗南辞军长，支援武汉会战，占领信阳，日军反攻信阳时，留守的团长马载文临阵脱逃，导致信阳失守，乃撤回西安。
1939年1月14日任第34集团军副总司令;8月4日任第34集团军总司令，成为黄埔系学生的第1个集团军总司令;12月，胡宗南受蒋介石指使，集结部队准备向延安进攻。
1940年1月，蒋介石掀起第一次反共高潮，胡宗南奉命在空军的配合下，向陕甘宁边区纵深进犯，蚕食5个县，并公开喊出“消灭边区”的口号，严密封锁，构筑了一条长达700余里的由碉堡、工事组成的封锁线。
1942年7月23日，胡宗南升任第8战区(朱绍良)副司令长官兼第34集团军总司令，掌握第8战区实权，屯兵西北，封锁、侵犯陕甘宁边区，号称“西北王”。
1943年7月，胡宗南曾密谋突袭延安，被胡宗南的机要秘书、地下党员熊向晖暴露而作罢。
1944年4月，胡宗南被任命为第1战区副司令长官，因不服司令长官陈诚，称病赴华山休养;5月日寇土肥原部调集12万兵力突然进攻中原，守军连失数城，土肥原率兵向西急进，如入无人之境，6月13日中美空军大炸豫西之敌，胡宗南部猛烈反攻，取得胜利;8月17日被任命为第1战区副司令长官，与陈诚数次冲突;9月空运增援桂林、重庆;12月19日被任命为第1战区代理司令长官。
1945年1月12日就任代理司令长官，辖4个集团军、16个军、42个师、5个特种兵团，计45万人;5月当选为国民党第六届中央执行委员;7月31日被正式任命为第1战区司令长官，成为黄埔系学生中唯一的战区司令长官;8月21日被任命为洛阳、郑州、开封、新乡地区的受降主官，向石家庄发动进攻;9月22日在郑州接受日本第12军团司令官鹰森孝投降，共6万余人;10月3日特加陆军上将衔，此时第1战区指挥的部队有5个集团军、25个军，总兵力达50万人，势力分布到陕西、甘肃、宁夏、河南、晋东南地区;10月10日授予抗战胜利勋章。
解放战争
1946年1月1日，胡宗南被任命为郑州绥靖公署(主任刘峙)副主任;3月1日获颁青天白日勋章;4月所部国军整编，军改“整编师”，师改“整编旅”，胡宗南部下20多万;7月4日整编第1军越过黄河，企图与阎锡山部南北夹击太岳部队;9月，其部队分两路进犯晋东南，与山西阎锡山部队配合欲“肃清”解放军太岳兵团(司令员陈赓)，24日整编第1旅被全歼，旅长黄正诚被俘，接着整编第48旅遭受歼灭性打击，旅长何奇被击毙，胡宗南慌忙收兵。
1947年3月4日被任命为西安绥靖公署主任;3月11日，胡宗南在洛川召开军事会议，决定以刘戡的整编第29军和董钊的整编第1军组成左右两个兵团，采取钳型攻势，企图包围歼灭陕北解放军，占领延安以及整个边区;3月13日指挥15个旅(14万人)进犯延安;3月19日令整编第1师第1旅进入延安空城，胡宗南组织作战参谋捏造战报，大吹大擂“俘虏敌5万”的“重大胜利”，被授二等大绶云麾勋章，24日胡宗南将其前进指挥所由宜川移到延安，并抽出5个整编旅的兵力守备延安，机动进攻兵力减少为只有10个整编旅;3月25日，第31旅在青化砭大部被歼，旅长李纪云被俘，此后胡宗南行动变得更加谨慎，采取国防部制定的“方形战术”，稳扎稳进，乃令刘勘兵团和董钊兵团进行“扫荡”，寻找西北野战军主力决战，一次次扑空;4月16日第135旅在羊马河被全部歼灭，代理旅长麦宗禹被俘;5月7日第167旅在蟠龙被全歼，旅长李昆岗被俘，蟠龙的众多战略物资成为解放军战利品;6月胡宗南任西安绥靖公署主任;8月6日，西北野战军为调动和牵制胡宗南主力，配合陈谢兵团挺进豫西，进攻榆林，胡宗南令整编第36师等部队增援，12日解放军主动撤围，胡宗南令部队追击，22日整编第36师在沙家店全军覆没，师长钟松化装逃脱;10月4日解放军猛攻清涧，10日守备清涧的整编第76师被全歼，师长廖昂被俘;至12月，陕甘宁边区大部分被解放军收复。
1948年2月，解放军重兵包围关中的咽喉要地宜川，胡宗南令整编第29军增援，在瓦子街被包围，至3月1日，整编第29军全部被歼灭，中将军长刘戡自炸毙命，整编第90师少将师长严明被击毙，胡宗南向南京请罪，被撤职留任;3月5日西北野战军包围洛川，胡宗南急调5个整编师解了洛川之围;4月21日整编第17师撤出延安，延安解放;12月25日，新华社公布43名战犯名单，胡宗南列第30位。1949年2月1日兼第12编练司令部司令;5月19日，解放军军突破西安泾河南岸的胡军防线，胡宗南决定放弃西安向宝鸡转移，20日西安解放;7月14日宝鸡解放，胡宗南集团遭到毁灭性打击，胡宗南窜逃汉中，从此离开西北，部队有第5兵团(李文)、第7兵团(裴昌会)、第18兵团(李振)等13个军40万人;8月，胡宗南和川湘鄂边区绥靖公署主任宋希濂一起到重庆晋见巡视的蒋介石，欲放弃西南转进滇缅，被蒋介石训斥责骂;9月8日兼任川陕甘边区绥靖公署主任;11月向成都转移;12月7日任西南军政长官公署(军政长官顾祝同)副长官兼参谋长，代行军政长官职权;12月9日川康将领刘文辉、邓锡侯、潘文华通电起义，云南也宣布起义，西南形势大变，20日胡宗南决定将军政长官部迁西昌，23日私自飞往海南三亚，留在四川的胡宗南部3个兵团全部战场起义，28日在顾祝同劝说下飞到西昌。
飞逃台湾
1950年3月26日解放军逼近西昌机场，胡宗南将剩余6万部队的指挥权交给参谋长罗列，自己悄悄飞逃台湾，其残余部队陆续被围歼;5月台湾“监察院”李梦彪等四十六位“监察委员”提出弹劾，经蒋介石、陈诚、顾祝同、蒋经国周旋，“立法院”108名委员签名上书“行政院长”陈诚求情，陈诚将弹劾案移交“国防部”处理，8月“国防部”答复“应免议处”。
1951年9月9日，胡宗南化名为“秦东昌”，就任“江浙人民反共游击总指挥”，驻守大陈岛，指挥部队骚扰破坏大陆沿海。
1952年10月19日当选为国民党第七届中央评议委员，兼任“浙江省政府主席”。
1953年6月24日，解放军进军大陈岛，台湾当局撤消“江浙人民反共游击总指挥部”;7月23日胡宗南飞回台湾，任“总统府战略顾问委员会”上将顾问;8月进入“国防大学”进修。
1954年2月从“国防大学”毕业，在台北家中闲居。
1955年9月胡宗南就任“澎湖防守司令部”司令官，晋任陆军二级上将。
1956年4月以考察名义到美国访问。
1957年10月23日当选为国民党第八届中央评议委员。
1959年，胡宗南在澎湖任期四年后正式退休，结束了长达三十五年的军旅生活。10月回台北任“总统府”战略顾问;12月进入“国防研究院”第一期，任研究员。
1960年9月任国防研究院毕业同学会会长、国防研究院院务委员，深居简出，郁郁寡欢。
1961年身体出现高血糖。
1962年2月6日胡宗南病情恶化，7日“总统府副秘书长”蒋经国奉父命探望，10日蒋介石亲自探望，胡宗南激动万分，涕泪交流，14日凌晨因心脏病突发去世，终年67岁，2月15日以台晋字第198号令，“故陆军二级上将胡宗南，追晋为陆军一级上将”，另颁“旌忠状”，“以永垂式范”，台湾成立以何应钦、顾祝同为正副主任的治丧委员会，移灵台北市极乐殡仪馆，17日公祭，蒋介石亲自参加祭奠，发表纪念讲话，挽“功着旗常”;3月13日颁发“褒扬令”;6月9日安葬于台北阳明山纱帽山麓。
胡宗南可称得“天子门生”第一人，受到蒋介石的器重，乃至踌躇满志，野心勃勃，狂妄自大，抗战时避居西北拥兵称王，内战时则成了急先锋，但他志大才疏，不懂战略，对蒋介石盲目服从、不辨善恶，军事上远不是彭德怀的对手，部队被逐个歼灭，逃到台湾又被弹劾，狼狈不堪;著有《宗南文存》。
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